อุลตร้าแมนเน็กซัส

หลังจากเหตุการณ์ เดอะเน็กซ์ จบลง โลกที่ผู้คนต่างคิดว่าพ้นภัย กลับมีสัตว์ประหลาดที่เรียกว่า สเปซบีสต์ ปรากฏตัวขึ้นอย่างต่อเนื่อง ซึ่งเกิดจาก DNA ที่กระจายมาจาก เดอะวัน มีผู้คนมากมายตกเป็นเหยื่อการโจมตี องค์กรลับ TLT ถูกก่อตั้งขึ้นมาเพื่อแก้ไขสถานการณ์นี้ โดยรวมบุคลากรคุณภาพอย่าง หน่วยไนท์เรเดอร์ ออกปฏิบัติการกำจัด สเปซบีสต์ อย่างเร่งด่วน ขณะเดียวกัน โคมง คาซึกิ ชายหนุ่มธรรมดาผู้มีชีวิตเรียบง่าย กลับต้องมาพัวพันกับเหตุการณ์สเปซบีสต์ กระทั่งเขาได้พบกับมนุษย์ยักษ์สีเงิน ที่ช่วยชีวิตเขาไว้ก่อนที่จะโดนบีสต์ทำร้าย มนุษย์ยักษ์ผู้นั้นคือ อุลตร้าแมนเน็กซัส นับแต่นั้นโคมงก็ได้ตัดสินใจ เข้าร่วมกับหน่วย ไนท์เรเดอร์ และสอบเข้าเป็นเจ้าหน้าที่ได้ในที่สุด ระหว่างนั้นเขาก็ได้พบกับ ฮิเมยะ จุน ชายปริศนาที่มักปรากฏตัวในที่เกิดเหตุคดี สเปซบีสต์ ทุกครั้ง จนทราบในภายหลังว่า ฮิเมยะผู้นี้ คือร่างสถิตย์ของเน็กซัส ซึ่งเรื่องราวหลังจากนี้ โคมงจะต้องพบกับปริศนามากมาย ทั้งเรื่อง สเปซบีสต์ อุลตร้าแมน ที่ทำให้เหตุการณ์ซับซ้อนยิ่งขึ้น